Tienes al menos 2 opciones para elegir la clave utilizada por ssh. por ejemplo. ~/.ssh/key1 usuario@ejemplo.com

Método 1 — Especificar la clave en la línea de comandos con la opción -i de ssh.

La línea de comandos a utilizar es:

ssh -i ~/.ssh/key1 usuario@ejemplo.com

Método 2 — Usar el archivo de configuración de ssh. Esto es útil cuando no tienes la opción -i disponible, como cuando usas git, rsync o lftp.

Puedes añadir a tu ~/.ssh/config las siguientes líneas

Host ejemplo.com
  IdentityFile ~/.ssh/key1

Esto le dice a ssh que para el host ejemplo.com, utilice el archivo la clave ~/.ssh/key1